Entrambi i pesci e le diverse popolazioni di microrganismi dipendono da ossigeno per la sopravvivenza. I batteri aerobici benefici hanno bisogno di ossigeno per sopravvivere, mentre i batteri anaerobici possono vivere senza ossigeno e sono la causa di deterioramento di acqua.
È quindi importante che l'acqua acquario ha ossigeno sufficiente per i batteri aerobi svolgere il loro compito di convertire ammonio in nitriti e nitriti a nitrati successivamente. Con ossigeno insufficiente batteri anaerobici prevalgono con le conseguenze negative sopra descritte.
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